Każdy pracodawca ma uprawnienie do dokonywania kontroli, celem sprawdzenia, czy pracownicy korzystają z zwolnień lekarskich zgodnie z obowiązującymi przepisami. Pracodawca jest zobowiązany wypłacać wynagrodzenie za okres choroby pracownika z własnych środków, co stanowi uregulowanie zawarte w artykule 92 Kodeksu pracy. Pracodawca jest także uprawniony do przeprowadzania kontroli prawidłowości wykorzystywania zwolnień lekarskich od pracy, za które wypłaca swoim pracownikom (również innym ubezpieczonym, np. zleceniobiorcom) zasiłki chorobowe i opiekuńcze oraz świadczenie rehabilitacyjne. Są to pracodawcy, którzy zgłaszają do ubezpieczenia chorobowego powyżej 20 ubezpieczonych.

Kontrole te służą zapewnieniu, że zwolnienia lekarskie są wykorzystywane zgodnie z prawem i rzeczywistym stanem zdrowia pracowników. W ramach tych działań pracodawca może sprawdzić zgodność dostarczonych zwolnień lekarskich z wymaganiami prawnymi oraz zweryfikować, czy pracownik faktycznie spełnia warunki uprawniające do korzystania z tego rodzaju zwolnienia.

Jednocześnie istotne jest, aby procesy kontroli były przeprowadzane w sposób zgodny z przepisami prawa pracy oraz z poszanowaniem prywatności pracownika. Pracodawca powinien działać zgodnie z obowiązującymi normami etycznymi i z poszanowaniem praw pracownika, jednocześnie dbając o rzetelność i prawidłowość wykorzystywania środków przeznaczonych na wynagrodzenia za okres choroby.

Szczegółowe zasady przeprowadzania kontroli są uregulowane w Rozporządzeniu Ministra Pracy i Polityki Społecznej z dnia 27 lipca 1999 r. w sprawie szczegółowych zasad i trybu kontroli prawidłowości wykorzystywania zwolnień lekarskich od pracy oraz formalnej kontroli zaświadczeń lekarskich. W ramach kontroli pracodawca przeprowadza przede wszystkim kontrolę formalną, tj. pracodawca weryfikuje, czy zwolnienie nie zostało sfałszowane oraz czy zostało wydane zgodnie z przepisami w sprawie zasad i trybu wystawiania zaświadczeń lekarskich. W razie podejrzenia, że zaświadczenie lekarskie wydane zostało niezgodnie z przepisami w sprawie zasad i trybu wystawiania zaświadczeń lekarskich, płatnik składek występuje o wyjaśnienie sprawy do terenowej jednostki organizacyjnej Zakładu Ubezpieczeń Społecznych.

Kontrola prawidłowości wykonywania zwolnień lekarskich została opisana w § 5  ust. 1 Rozporządzenia, zgodnie z którym:

§ 5.

1. Kontrola prawidłowości wykorzystywania zwolnień lekarskich od pracy z powodu choroby polega na ustaleniu, czy ubezpieczony w okresie orzeczonej niezdolności do pracy:

1) nie wykonuje pracy zarobkowej,

2) nie wykorzystuje zwolnienia lekarskiego od pracy w sposób niezgodny z jego celem.

W przypadku dokonywania kontroli w miejscu zamieszkania lub pobytu pracownika, pracodawca powinien wystawić imienne upoważnienie według wzoru stanowiącego załącznik do Rozporządzenia. W razie ustalenia nieprawidłowości, osoba kontrolująca powinna sporządzić protokół kontroli. Ostateczną decyzję pokontrolną podejmuje jednak ZUS, od której służy odwołanie do sądu.