Zasady przeprowadzania kontroli u przedsiębiorcy regulują przepisy ustawy prawo przedsiębiorców oraz w przepisach szczególnych. Zgodnie z art. 48 ust. 1 prawa przedsiębiorców:

Organ kontroli zawiadamia przedsiębiorcę o zamiarze wszczęcia kontroli.

Zatem organ kontroli nie ma możliwości przeprowadzenia kontroli w przedsiębiorstwie bez uprzedniej zapowiedzi. Jest to zasada, która podlega szeregowi wyjątków. Kontrola bez uprzedniego zawiadomienia jest możliwa w szczególności w przypadkach, w których jest przeprowadzana na podstawie ratyfikowanej umowy międzynarodowej albo bezpośrednio stosowanych przepisów prawa UE, jak również choćby w przypadku, gdy przeprowadzenie kontroli jest uzasadnione bezpośrednim zagrożeniem życia zdrowia lub środowiska. Szczegółowy katalog wyjątków zawiera art. 48 ust. 11 prawa przedsiębiorców.

Czynności kontrolne mogą być wykonywane po okazaniu legitymacji służbowej i po doręczeniu upoważnienia do przeprowadzenia kontroli. Co więcej, czynności kontrolne są podejmowane pod obecność przedsiębiorcy lub osoby przez niego upoważnionej. Natomiast ta zasada również zaznaje ograniczeń.

Celem kontroli jest weryfikacja poprawności prowadzenia działalności przez przedsiębiorcę. Dlatego kontrola jest przeprowadzana w miejscu wykonywania działalności gospodarczej oraz w godzinach pracy lub czasie faktycznego wykonywania działalności gospodarczej przez przedsiębiorcę. Możliwe jest także wykonywanie kontroli w innych miejscach, np. miejscu przechowywania dokumentacji księgowej.

Obowiązkiem przedsiębiorcy związanych z kontrolami jest obowiązek prowadzenia i przechowywania książki kontroli, upoważnień oraz protokołów kontroli, przy czym książka kontroli może być prowadzona w formie tradycyjnej lub elektronicznej.

Co do zasady, organ nie może prowadzić ponownych kontroli o tożsamym przedmiocie. Ponowna kontroli będzie jednak możliwe, jeśli np. ma dotyczyć okresu nieobjętego uprzednio zakończoną kontrolą.

Czas trwania wszystkich kontroli u danego przedsiębiorcy w jednym roku kalendarzowym nie może przekraczać, w odniesieniu do:

mikroprzedsiębiorców – 12 dni roboczych;

małych przedsiębiorców – 18 dni roboczych;

średnich przedsiębiorców – 24 dni roboczych;

pozostałych przedsiębiorców – 48 dni roboczych.

W przypadku nieprawidłowości przy kontroli, przedsiębiorca może zgłosić sprzeciw. Sprzeciw powoduje wstrzymanie czynności kontrolnych oraz czasu trwania kontroli. W reakcji na sprzeciw, organ kontrolujący wydaje postanowienia w przedmiocie sprzeciwu, na które przedsiębiorcy przysługuje zażalenie.

Przedsiębiorcy przysługuję także roszczenia odszkodowawcze. Zgodnie z art. 46 ust. 1 prawa przedsiębiorców:

Przedsiębiorcy, który poniósł szkodę na skutek wykonania czynności kontrolnych z naruszeniem przepisów prawa, przysługuje odszkodowanie.

Zatem organ, który naruszył zasady przeprowadzania kontroli u przedsiębiorcy, może ponieść tego konsekwencje w postaci zasądzenia odszkodowania. Do tego jednak konieczne będzie wykazanie, że w związku z nieprawidłowościami kontroli, w majątku przedsiębiorcy powstała szkoda.